但是，不能在药品标签或说明书上注明该用途专利保护的新适应症。例如，阿司匹林是老药，最早用于消炎镇痛，后来小剂量用于预防心血管病。假设现有人发现阿司匹林可以抗癌，并获得“阿司匹林在制备抗癌药中的应用”这一新用途专利。那么此后，别人仍可以生产阿司匹林，可以在药品标签和说明书中写上适应症是消炎镇痛或预防心血管病，但除专利权人或专利权人授权的人以外，其他人不可在药品标签和说明书中标明适应症是治疗癌症，也不能在广告中宣传自己的阿司匹林可治疗癌症。而对于医生或患者，用标明适应症是消炎镇痛或预防心血管病的阿司匹林去治疗癌症，则是合法的，不是专利侵权，因为我国的专利法不保护治疗方法。
                                　　
    三、美国最高法院判决：专利被许可人可以挑战该专利的有效性。美国联邦巡回上诉法院曾认为，专利权人与被许可人一旦签订了专利许可协议，就意味着被许可人（购买专利技术使用权的人）认可该专利的有效性，被许可人不能置疑或挑战专利许可协议中专利的有效性。但是，美国最高法院在Medimmune诉Genetech一案中，驳回了联邦巡回上诉法院的判决，认为不能因双方签订了专利许可协议，就禁止被许可人对协议中专利的有效性提出无效请求。这会使被许可人处于优势地位。
                                　　
    专利作为一种无形财产，评判其新颖性、创造性、是否公开充分时，常常会出现模糊地带，以至“公说公有理，婆说婆有理”。所以会有一审输、二审赢、再审又输的无奈局面，风险很大。美国最高法院的这个判决，使被许可人进退自如，万无一失。败诉了，我已签了许可协议，付了许可使用费，没有侵权嫌疑，更不可能是故意侵权。赢了，更好，许可使用费从此可以不付了。
                                　　
    四、欧洲委员会在EPC2000中明确：专利第二用途权利要求可以写成“A药在制备治疗B病的药物中的应用”。在此之前，欧洲各国对这种所谓“瑞士形式”权利要求的撰写形式争议不休，一直没有统一规定。在新西兰，2007年1月的一个法院判决已确立了这种权利要求的可专利性，支持了Genetech的诉请。

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